El área de Fitopatología se enfoca en la caracterización y determinación de mecanismos de control de los principales microorganismos fitopatógenos de los principales cultivos del Ecuador incluido banano, cacao, arroz entre otros. El área de Microbiología se caracteriza por el uso de herramientas metagenómicas y metabolómicas enfocadas en el biodescubrimiento y en la caracterización de comunidades microbianas. Los principales proyectos y resultados se enfocan en:
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Caracterización de perfiles metabolómicos de microorganismos beneficiosos y fitopatógenos en relación al biodescubrimiento y adquisición de resistencia a microbiocidas.
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Estudio de los principales microorganismos fitopatógenos del arroz y sus mecanismos de control. Primer reporte en el Ecuador de bacterias causantes de enfermedades en el arroz.
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Determinación y caracterización de biocontroladores de las principales enfermedades de plantas en el Ecuador. Diseño de procesos de digestión para la elaboración de biocontroladores.
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Caracterización morfológica, fisiológica, patogénica y molecular de poblaciones nativas de Mycosphaerella fijiensis, agente causal de la Sigatoka negra en sistema de producción convencional y orgánica; demostración del efecto fungicida de los bioles locales sobre el hongo y determinación de los principales factores que afectan y definen el desarrollo de la enfermedad bajo las condiciones nacionales. Estas investigaciones así como el efecto de la selección debido al uso de fungicidas químicos para su manejo.
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Estudio de mecanismos moleculares de resistencia a fungicidas de M fijiensis. Se han encontrado mutaciones y además una inserción en el promotor repetida en tándem que podrían estar asociadas a la resistencia o alteraciones en la expresión del gen. La novedad internacional de estos resultados, los sitúan como uno de los más importantes obtenidos por investigadores del CIBE.
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Determinación de la situación fitosanitaria de las plantaciones de cacao nacional en diferentes provincias de la Costa; caracterización inicial de las poblaciones de Moniliophthora roreri; demostración del efecto fungicida de los bioles locales frente al agente causal de la moniliasis en cacao e identificación de insectos plaga. Se destaca el primer registro de Eacles imperialis (Lepidoptera: Saturniidae), atacando plantaciones de cacao y otros especies como mango, zapote, guayaba, guaba y banano, en las que produjo una fuerte defoliación. Se han realizado además reportes y estudios biológicos de otros insectos plagas.
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Primer registro del virus del mosaico de la calabaza (SqMV) en el país afectando cultivos de melón y sandía y de la presencia de infecciones concomitantes de comovirus, cucumovirus y potyvirus en sandía, melón y pepino y de especies de insectos asociados a estas virosis.
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Bioprospección de microorganismos extremófilos a partir de muestras de la Antártida. Identificación de diferentes géneros de microhongos.
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Caracterización morfológica e identificación molecular de cepas nativas de Trichoderma harzianum y T. viridis, aisladas de muestras de suelos en diferentes regiones del país; determinación de su capacidad biocontroladora frente a hongos patógenos y puesta a punto de procedimientos sencillos para su reproducción masiva.
